Аэропорты предприятия имеют большую славную историю. Все они были созданы в 30-е годы прошлого века вместе с Дальневосточной гражданской авиацией и развивались вместе с ней, обеспечивая в довоенные годы освоение громадных территорий Приамурья и Хабаровского края.
Большой толчок развития аэропорты получили в 50-е – 60-е годы, когда на воздушных линиях появились самолеты Ли-2, Ил-12, Ил-14, Ан-24. Первыми принимали и обслуживали новые самолеты аэропорты Зея – в Амурской области и Охотск – в Хабаровском крае. Для этого реконструировались и удлинялись ВПП, строились новые аэровокзалы и вся аэропортовая инфраструктура.
В 70-х – 80-х годах, с появлением на местных воздушных линиях комфортабельных газотурбинных самолетов Як-40 и Л-410, для их приема и обслуживания прошли реконструкцию и другие аэропорты предприятия.
Однако, наступившие перемены в политике и экономике страны привели в 90-е годы в упадок всю инфраструктуру малых аэропортов и посадочных площадок, в том числе и нашего предприятия. Очень сильно снизились объемы перевозок и количество полетов в северные аэропорты. Реорганизация всей структуры гражданской авиации страны для малых аэропортов обернулась финансово-экономической несостоятельностью и их массовым закрытием.
Понимая значение сохранения воздушного сообщения северных территорий Амурской области, Хабаровского края и всего Дальневосточного региона с большой землей, органы государственной власти в начале 2000-х годов принимают энергичные меры по возрождению малых аэропортов и малой авиации.
О необходимости создания федерального казенного предприятия правительства Амурской области и Хабаровского края просили у высшего руководства России для сохранения и развития малых аэропортов Дальнего Востока, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях.
Федеральное казенное предприятие «Аэропорты Дальнего Востока» создано распоряжением Правительства Российской Федерации от 08.08.2012 № 1427-р и первоначально именовалось ФКП «Аэропорты Приамурья». Нынешнее название предприятие получило в 2014 году вместе с присоединением к нему малых аэропортов Хабаровского края.
Правильность создания такого предприятия подтвердило время. За истекшие 5 лет аэропорты и посадочные площадки получили мощный импульс развития, модернизации и оснащения новой аэропортовой техникой.
В соответствии с федеральными целевыми программами, полным ходом идет реконструкция аэропортов Зея, Экимчан и посадочной площадки Бомнак, а также проектные работы по реконструкции аэропортов Охотск, Херпучи и Аян.
За счет собственных средств предприятия выполнены неотложные ремонтные работы на объектах всех аэропортов и посадочных площадок предприятия, установлены новые централизованные заправочные станции в аэропортах Зея, Чумикан, Аян, Тында и посадочной площадке Февральск, идет замена устаревшей спецтехники на новую.
В нелегких условиях реконструкции и ремонтных работ, все аэропорты и посадочные площадки обеспечивают прием, выпуск и наземное обслуживание воздушных судов, как рейсовых, так и выполняющих авиационные работы, поддерживают авиационное сообщение удаленных северных поселений с большой землей.
В аэропортах предприятия, имеющих славную историю, трудятся много замечательных высокопрофессиональных авиаработников, внесших значительный вклад в создание и становление предприятия, заслуживших большое уважение как в коллективе, так и в гражданской авиации Дальнего Востока. В их числе Почетный работник транспорта России Чигрин Сергей Маркович; Отличники воздушного транспорта Лунев Константин Витальевич, Марушко Игорь Романович, Марченко Николай Николаевич, работники аэропортов: Аян- Кузнецов Юрий Игнатьевич, Богородское- Ивановский Александр Николаевич; Зея- Стрельцов Александр Алексеевич, Охотск- Майгатов Сергей Николаевич, Тында- Чешев Владимир Петрович, Херпучи- Борисова Мария Борисовна, Чумикан- Чувахляев Олег Георгиевич, Экимчан-Семенов Владимир Иванович, Февральск- Широков Сергей Елизарович.